Međutim, imam Gračić navodi kako se još od 1565. mogu naći dokumenti koji govore o postavljanju imama, hatiba što govori da je već tad bila u funkciji.
Pretpostavka je da je osnivač, graditelj i vakif te džamije isti Ferhat-paša koji je izgradio i sarajevsku Ferhadiju i Ferhat-pašinu (Čaršijsku džamiju) u Tešnju – kazao je Gračić.
Uz Ferhat-pašinu džamiju je postojao i mekteb koji će kasnije postati medresa, aktivna sve do Drugog svjetskog rata.
Glavni imam Medžlisa Žepče Džafer ef. Gračić naglašava da je u Ferhat-pašinoj džamiji kao imam djelovao i jedan od najpoznatijih bosnevijskih alhamijado književnih autora na tlu Bosne Abdulvehab Ilhamija Žepčak (1773-1821). Ilhamija Žepčak bio je i profesor u medresi.
Na zidu džamije nalaze se i njegove riječi: “Ne traži ugled jezikom. Džemat čuvaj. Srce nogom, a Kur’an glavom smatraj!”. Abdulvehab Ilhamija je poznat po tome da je tadašnje vlastodršce opjevao u pjesmi: “Čudan zeman nastade sve zlikovac postade”, zbog čega je i pogubljen.
Ferhat-pašina džamija doživjela je sudbinu kao i ostale žepačke džamije. Minirana je u martu 1994. godine, a obnovljena i svečano otvorena u septembru 2006. godine.
Ispred mihrabskog zida džamije smještena su dva sarkofaga. Ne zna se tačno ko je tu sahranjen, ali se smatra da je jedan od dva sarkofaga na kojem je natpis “Bog je jedan a Muhammed je vjerovjesnik, godina 1053/1643” najstariji nišan do sada otkriven u BiH. Ispred Ferhat-pašine džamije se nalazi najstariji nišan. Ovih dana se radi na njegovoj restauraciji. Pretpostavka je da je tu sahranjen neki kadija i njegova supruga, ali to je samo u domenu špekulacija – kazao je u razgovoru za Fenu glavni imam Medžlisa Žepče Džafer ef. Gračić, piše FENA.
