Diplomirala je i magistrirala kompoziciju na Fakultetu muzičke umetnosti u Beogradu u klasi Vlastimira Trajkovića.
Od 2002. godine na tom fakultetu radila je kao profesor kompozicije.
Za svoja djela dobila je važne nagrade u zemlji i u inostranstvu, među kojima je i Mokranjčeva nagrada (2004).
Izabrana je za člana Srpske akademije nauka i umetnosti 2006, a za člana Svjetske akademije umjetnosti i nauka 2012. godine.
Berlinski časopis Der Freitag izabrao je Isidoru Žebeljan za jednu od deset najperspektivnijih javnih ličnosti na svijetu za 2009. godinu.
Kao prva javna ličnost sa Balkana, 2014. godine dobila je nagradu Parlamentarne skupštine mediteranskih zemalja, za dostignuća u oblasti kulture i umjetnosti.
Isidora Žebeljan je takođe jedan od najistaknutijih srpskih savremenih kompozitora muzike za pozorište i film.
Komponovala je muziku za više od trideset pozorišnih predstava u svim značajnim kućama u Srbiji, Norveškoj, Hrvatskoj i Crnoj Gori.
Za svoj rad na tom polju tri puta joj je dodijeljena Sterijina nagrada.
Četiri puta je osvajala nagradu Yustat Bijenala pozorišnog dizajna za najbolju pozorišnu muziku.
Radila je na nekoliko filmskih partitura, uključujući i orkestraciju muzike Gorana Bregovića za filmove “Dom za vešanje”, “Arizona drim”, “Podzemlje” (u režiji Emira Kusturice), “Kraljica Margo” i “D serpent kis” (režija P. Ruselo).
Autor je muzike za film Miloša Radivojevića “Kako su me ukrali Nemci”, za koju je 2011. godine dobila nagradu za najbolju originalnu muziku na Filmskom festivalu u Sopotu, kao i nagradu srpskog FIPRESCI-ja, 2012. godine, prenose, “Nezavisne“.
