Njegovu vladavinu obilježio je građanski rat sa Stjepanom Vukčićem Kosačom, a potom i brak s njegovom kćerkom Katarinom, te sukobi s Đurđem Brankovićem i Turcima. Ostao je upamćen i kao jedini bosanski vladar koji je progonio pripadnike drugih vjeroispovjesti, preciznije bosanske krstjane kojima je i sam pripadao prije dolaska na prijestolje, prenosi slobodna-bosna.
Stjepan Tomaš je bio vanbračni sin bosanskog kralja Stjepana Ostoje. Imao je zakonitog polubrata, kralja Stjepana Ostojića, koji je umro 1422. godine, i starijeg, također nezakonitog brata Radivoja, koji se s Tvrtkom II neuspješno borio za bosansku krunu.
KRALJEVSKI GRAD BOBOVAC
U novembru 1443. godine umro je Tomašev stric, kralj Tvrtko II., ne ostavivši iza sebe potomke. Tomaša je umirući kralj proglasio svojim nasljednikom, kako bi spriječio da njemu mrski Radivoj postane kralj. Stanak je za kralja podržao Tomaša zato što su po Tvrtkovom ugovoru o nasljedstvu iz 1427. godine grofovi Celjski, rođaci Kotromanića, trebali postati bosanski kraljevi.
Međutim, vojvoda Stjepan Vukčić Kosača se nije složio s ovim izborom i odmah je izrazio podršku Tomaševom bratu Radivoju koji je tada živio na dvoru Kosača i kojeg su u borbi za krunu podržavale Osmanlije. Istovremeno je papa Eugen IV. planirao veliku kontra-ofenzivu protiv Turaka, te je slao izaslanike i Tomašu i Kosači. Budući da su u ratu bili kralj Tomaš i herceg Stjepan, Tomaš je odlučio poduzeti akcije protiv Kosača i Osmanlija. U maju 1444. godine kralj Tomaš je iz Srebrenice protjerao Osmanlije da bi već u junu iste godine potisnuo hercega Stjepana iz zapadnog Huma.
Tomaša je odmah podržao Ivaniš Pavlović, a za kralja Bosne ga je priznao i Janko Hunjadi, regent ugarskog kralja Ladislava V. S druge strane, Kosači je pomagao srpski despot Đurađ Branković, te je brzo uspio vratiti zemlju koju mu je Tomaš bio oteo. Tako je Tomaš opet izgubio Srebrenicu.
Papa Eugen IV. 29. maja 1445. godine izdaje dokument kojim priznaje Tomaša, koji se prije toga preobratio na rimokatoličanstvo, za legitimnog kralja Bosne i istim dokumentom poništava Tomašev brak s krstjankom Vojačom, majkom njegovog prvorođenog sina, Stjepana Tomaševića. Početkom sljedeće godine konačno sklapa mir s Kosačom koji ga priznaje za kralja.
VRANDUK
Mir je zapečaćen vjenčanjem Tomaša i Kosačine kćerke Katarine, po katoličkom obredu 26. maja 1446. godine u Milodražu kod Fojnice. Katarina, kćerka krstjanina Kosače i do tada i sama krstjanka, morala je prijeći na rimokatoličanstvo kako bi se udala za Tomaša.
Pod Tomaševim i papinim utjecajem mnogi krstjanski bosanski plemići su se počeli interesirati za rimokatoličanstvo; između ostalih, Juraj Vojsalić se preobratio, Ivaniš Pavlović također (mada se 1449. vratio Crkvi bosanskoj), a i Tomašev punac Kosača je pokazivao interes za Rimokatoličkom crkvom (mada se nikada nije preobratio). Razlog za ovo bio je prije svega politički, budući da su se nadali pomoći u borbi s Turcima. Kralj Tomaš i kraljica Katarina izgradili su veliki broj rimokatoličkih crkvi u Bosni.
Kralj Tomaš je mnoge bosanske gradove ojačao i razvijao, naročito Vranduk gdje je ispod grada podigao Crkvu sv. Tome, svog zaštitnika, za koju je od pape dobio posebne povlastice, grad je preuredio a bedeme ojačao.
Turcima nije odgovaralo sklapanja mira između kralja i vojvode pošto su se nadali da će njihovi sukobi oslabiti kraljevstvo iznutra. Franjevci, koji su u međuvremenu u Bosni ojačali i učvrstili svoj položaj, tužili su kralja Tomaša rimskoj kuriji da je zadržao dobre odnose s bosanskim krstjanima. Papa je odmah uzvratio i zatražio od kralja da mrsku mahinejsku herezu iskorjeni mačem, ognjem i smrću. U suprotnom, bit će smatran saučesnikom njihova nevjerstva.
Papa je ista upozorenja uputio hercegu Stjepanu i vojvodi Ivanišu Pavloviću. Pritisci iz Rima su slabili kraljev položaj i u zemlji su se pojedini velikaši potpuno odvojili od kralja. U čast nove osmanske provale u Bosnu, marta 1448., zemlja je bila skoro sasvim razjedinjena. Srbijanski velikaš Đurađ Branković, koji se s Tomašem sukobljavao oko vlasti nad bogatim rudarskim gradom Srebrenicom, uz Kosačinu pomoć, također je bio nezadovoljan. Iste godine kako bi popravio odnose s Turcima, odrekao se titule bosanskog vojvode i uzeo titulu hercega, aludirajući tako na nezavisnost svoje zemlje od Bosanskog kraljevstva.
KRALJ STJEPAN I KRALJICA KATARINA
Nakon ovog odvajanja od Bosne Tomaš se osjećao oslabljenim još dodatno Tomaša je oslabilo odricanje vojvode Ivaniša Pavlovića od katoličanstva.
Nemajući drugog izbora, kralj Tomaš je tokom 1450. godine započeo neviđene progone bosanskih krstjana. Pod prijetnjom od potpunog uništenja, brojne pristalice Crkve bosanske, zajedno sa starješinama, otišle su u zemlju hercega Stjepana, gdje im je pružena pomoć i zaštita. Papa je optuživao hercega Stjepana zbog primanja utočišta hereticima, ali se herceg na to nije obazirao.
Osmanlije su 1455. godine osvojile velike djelove Srpske despotovine, čime je Bosna postala još izloženija prema Osmanskom carstvu. Nakon opsade Smedereva i Beograda 1456. godine i smrti Janka Hunjadija, Tomaš je počeo tražiti novu podršku na zapadu. U Bosni je vladala panika zbog mogućeg upada Osmanlija. U jednom pismu Tomaš se žalio Veneciji da ga sultan Mehmed II. stalno ucjenjuje i da traži od njega mu preda četiri velika grada.
Tomaš je odbio sultanovu želju, te su osmanski napadi na Bosnu postali učestaliji. Sultan nije bio zadovoljan ni svotom novca koji je Tomaš davao sultanu.
U međuvremenu, 1456. godine umro je despot Đurađ, koji je imao loše odnose sa Tomašom, ali je sa istoka štitio Bosnu. Đurađa je naslijedio sin Lazar koji je umro u januaru 1458. godine. Nakon Lazarove smrti nije postojao nijedan dostojan nasljednik osim slijepog Stefana Brankovića koji je privremeno zavladao Srbijom. Već u aprilu kralj je počeo da razmišlja o vlasti nad Srbijom tako što bi njegov sin oženio najstariju kći despota Lazara, koju je majka Jelena Paleolog stavila na udaju. Tomaš je iskoristio slabost Srbije da osvoji jedanaest gradova na Drini, uključujući i Srebrenicu.
Već 14. oktobra 1458. Tomaš izdaje povelju Stefanu Račkoviću, logotetu Smederevskog dvora. Tom poveljom kralj Tomaš poklanja neka sela u Srbiji, što znači da se Tomaš već smatarao srpskim gospodarom.
Već u januaru 1459., kralj lično odlazi u Segedin kako bi zatražio ugarski pristanak da se sklopi brak između Stjepana i princeze Jelene. Čuvši za to, Osmanlije su 29. januara opsjedali Bobovac i Vranduk, ali ih nisu uspjeli osvojiti. Princ Stjepan Tomašević se izvukao iz Bobovca i krenuo prema Smederevu. Kralj Tomaš je 31. januara stigao u Jajce. Despot Stjepan Tomašević je u martu preuzeo dužnost srpskog despota ali je već u junu iste godine predao Smederevo. Nakon osmanskog osvajanja Srbije, Bosna je postala izložena Osmanskom carstvu. Već u januaru sultan Mehemed II je tražio od Tomaša slobodan prolaz vojske kroz Bosnu kako bi mogao napasti Slavoniju. Kralj Tomaš je pristao na to, ali Osmanlije osvajaju Zvornik, Srebrenicu, Soli i dio Usore. U međuvremnu Osmanlije su napale i hercega Stjepana u novembru 1459. i zapalile manastir Mileševu i uznemirili cijelu oblast. Nakon ovog herceg se zbližio sa Tomašom. Nakon toga, papa Pio II. objavljuje bulu o križarskom ratu u slučaju da Osmalije napadnu Bosnu i Kosače. To je bio jedan od posljednih činova Stjepana Tomaša.
Kralj Stjepan Tomaš umro je iznenada, na današnji dan 1461. godine. Legenda kaže da su ga ubili njegov brat Radivoj i sin, Stjepan Tomašević, no za to nema dokaza. Sahranjen je u kraljevskom mauzoleju na Bobovcu.
